Atac-seq(转座分析-高通量测序可及染色质),通过Tn5转座酶将测序接头插入染色质开放区,然后通过测序数据推断染色质区的可及性,并计算转录因子结合位点和核小体的位置。 与其他常

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Atac-seq(转座分析-高通量测序可及染色质),通过Tn5转座酶将测序接头插入染色质开放区,然后通过测序数据推断染色质区的可及性,并计算转录因子结合位点和核小体的位置。

与其他常用技术的比较:与其他常见技术的比较:

ChIP-seq:直接检测与转录因子结合的DNA序列,但一次测序只能提供一个转录因子的信息,检测率相对较低。

DNase-seq:具有取代核小体的DNA序列优先被DNaseI切割,切割后的片段进行测序,检测特定转录因子的结合位点。但是这种技术对初始细胞数量要求较高,细胞数量一般达到106-107个,样品制备相对困难。

MNase-seq:该技术正好与DNase-seq技术互补,后者主要是利用限制性核酸外切酶进行片段化,直到获得被核小体包裹或被转录因子结合的区域。目前,MNase消化法常与二代测序相结合,通过定性和定量的方法来鉴定基因组内的平均核小体占有率和定位。

FAIRE-seq:用有机溶剂甲醛固定DNA,再用苯酚氯仿萃取得到暴露的DNA。实验周期长,细胞数量相对较多。

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